phpMyAdminのインポート機能には、ファイルサイズの上限があるので、大きなファイルサイズではインポートできない現象があります。
それを解決するには「BigDump」というインポートツールを使うことで解決できました。
詳しくはこちらのブログ記事を参照ください。

phpMyAdminでインポートできない大きなファイルを一気にインポートできる「BigDump」
http://www.koikikukan.com/archives/2012/04/04-000300.php