2つの問題があります。

【概要】
1. .htaccessのファイルパスが独特
2. .htpasswdの暗号形式に注意


【問題1】
.htaccess

ファイルシステム上のパスは
/usr/home/(アカウントID)/html/

ですが、Basic認証の際は
/home/(アカウントID)/html/

と記述する必要があります。


【問題2】
.htpasswd

パスワードの暗号化形式をいろいろ試してみてください。
Apacheのベーシック認証用パスワード発行フォームでパスワードを生成し、MD5形式のものを利用すると解決できました。



【参考】
CPI レンタルサーバの Basic 認証パスワードでハマる

Apacheのベーシック認証用パスワード発行フォーム
http://www.cityjp.com/cript/crpt.cgi