2つの問題があります。
【概要】
1. .htaccessのファイルパスが独特
2. .htpasswdの暗号形式に注意
【問題1】
.htaccess
ファイルシステム上のパスは
/usr/home/(アカウントID)/html/
ですが、Basic認証の際は
/home/(アカウントID)/html/
と記述する必要があります。
【問題2】
.htpasswd
パスワードの暗号化形式をいろいろ試してみてください。
Apacheのベーシック認証用パスワード発行フォームでパスワードを生成し、MD5形式のものを利用すると解決できました。
【参考】
CPI レンタルサーバの Basic 認証パスワードでハマる
Apacheのベーシック認証用パスワード発行フォーム
http://www.cityjp.com/cript/crpt.cgi