ラピッドサイトでMTをインストールする際に起こる問題の解決方法を書いておきます。
1. cgiを動かすための.htaccessをルートに設置
.htaccess
Options FollowSymLinks ExecCGI AddType application/x-httpd-cgi .cgi AddType text/x-component .htc
2. mtフォルダのパーミッションを755(777)にする
3. mtフォルダ内の.cgiファイルのパーミッションを755にする