以下のコードで実現できます。

プレーヤーの状態変化がおきたとき、onNicoPlayerStatusが実行されます。


<script type="text/javascript" src="http://ext.nicovideo.jp/thumb_watch/sm4967664?w=300&h=240"></script> 
<script type="text/javascript">
	function onNicoPlayerStatus(id, status){
		if(status == 'end'){
			var player = document.getElementById(id);
			player.ext_setPlayheadTime(0);
		}
	}	
</script>


参考:http://onteria.blogspot.jp/