JavaScriptのパラメータに「tr=1」を加えると、wmode=transparentと同じ状態になります。

<script type="text/javascript" src="http://ext.nicovideo.jp/thumb_watch/sm16509182?w=490&h=307&tr=1"></script>

開発者コメントによると、一般に公開するためのパラメータではないので告知なしに仕様変更・削除が行われる可能性があるそうです。