「wmode=transparent」を追加すると意図した通りの重なりを解決できるケースが多いです。

例えばYouTubeですと、以下のようにwmodeパラメータを追加することで解決できます。


<iframe width=”560″ height=”315″ src=”http://www.youtube.com/embed/MGt25mv4-2Q” frameborder=”0″ allowfullscreen wmode=”transparent”></iframe>